По умолчанию, инсталляция MySQL работает без файлика /etc/my.cnf
Но вот понадобилось мне потестить базу с нестандартной конфигурацией. Файлы с тестовыми конфигами под разные конфигурации лежат в /usr/local/mysql/support-files/
Берём нужный, переписываем его в /etc/my.cnf и перезапускаем сервер.
Пыщь!
Должно работать.